Généralités:
 
Tous les reptiles ont conservé certains traits primitifs: par exemple, le condyle occipital situé à l'arrière du crâne et assurant  l'articulation avec la première vertèbre, reste simple alors que chez les amphibiens et les mammifères, il est double.
 
Chez les reptiles, la peau, peut être hérissée de façon à former des tubercules comme chez certains agames, ou des épines servant de moyen de défense comme sur la queue de certains agamidés comme les Uromastyx ou les Moloch. Elle peut également former sur le cou, le dos ou la queue, des crêtes souvent plus développées chez le mâle et servant à la reconnaissance sexuelle. Chez les Crotalidae ou serpents à sonnette, l'extrémité de la queue est constituée de segments d'épiderme encastrés; un nouveau segment apparaît à chaque mue. Chez la plupart des serpents, les écailles ventrales sont agrandies, formant une série de grandes plaques se chevauchant qui participent à la locomotion, en particulier chez des serpents comme les boidés ou les grandes espèces de vipéridés (Bitis gabonica) capables de se mouvoir en restant pratiquement droits. Les fines soies dont sont pourvues les geckos et qui leur permettent d'escalader des parois lisses sont aussi des écailles modifiées.
Le coeur des reptiles a la particularité que les deux ventricules ne sont pas complètement séparés. Chez les crocodiliens, la séparation existe; toutefois, même dans un ventricule non divisé, le mélange de sang artériel et veineux est minime.
 
Les oeufs de reptiles, en particulier ceux à coquille souple, absorbent plus facilement l'eau comparé aux oeufs d'oiseaux. Le chorion, partiellement fendu, et la membrane allantoïde, qui forment le revêtement intérieur de la coquille, sont tapissés de vaisseaux sanguins permettant à l'embryon de respirer à travers les pores de la coquille.
La membrane allantoïde sert également au filtrage des déchets évacués par l'embryon. L'amnios est une poche remplie de liquide qui enveloppe l'embryon, évitant la déshydratation. Riche en graisses et en protéines, la membrane vitelline fournit à l'embryon les nutriments nécessaires à sa survie.
 
Comme les amphibiens, les reptiles muent tout au long de leur existence; l'ancienne peau peut partir en lambeaux comme la plupart des lézards ou être absorbée quasiment d'une pièce (geckos): l'animal déchire son exuvie au niveau de la queue et ramène le tout, parfois en plusieurs fragments, à l'aide de ses mandibules. Les serpents s'extirpent de leur vieille peau en frottant le museau contre une surface rugueuse, puis s'en débarrasse comme on sortirait une main d'un gant en latex; elle n'est pas " recyclée ". Chez les tortues et les crocodiles, il n'y a pas de mue véritable, mais un agrandissement des écailles. Les mues sont plus fréquentes chez le jeune que chez l'adulte.
 
La chaleur a pour effet d'accélérer le développement embryonnaire; chez les reptiles, la détermination du sexe dépendra de la température régnant durant une période critique de l'incubation: chez l'alligator d'Amérique (A. mississippiensis), une température inférieure à 30° entre le 7e et le 21e jour donnera invariablement des individus femelles; si la température excède les 34°, ce sera une éclosion de mâles uniquement. Entre ces deux pôles, la couvée sera composée de mâles et de femelles dans des proportions variables. Les comportements protecteurs parentaux sont particulièrement développés chez certains serpents (Phytonidae et Elapidae) ainsi que chez les crocodiliens.